گروه های پژوهشی و دپارتمان های تخصصی مرکز تحقیقات روانپزشکی و روانشناسی دانشگاه علوم پزشکی تهران به شرح زیر می باشند:

- دپارتمان معنویت درمانی: طراحی، اجرا و ارزیابی اثربخشی بسته های روان درمانی معنوی برای اختلالات روانپزشکی مانند اختلال هویت جنسی، اختلال سلوک و ...

- دپارتمان روان درمانی: بررسی اثربخشی درمان شناختی – رفتاری در اختلالات روانپزشکی.

- دپارتمان روانی- جنسی: گسترش فعالیت های پژوهشی در حوزه سایکوسکسوال.

- دپارتمان کارآزمایی های بالینی: کشف داروهای جدید در زمینه روانپزشکی و علوم رفتاری با تاکید بر درمان های جایگزین در روانپزشکی.

- دپارتمان روانسنجی: تجهیز و راه اندازی سامانه ای یکپارچه با سه رویکرد هوشمند، مداد-کاغذی و عملیاتی از ابزارهای سنجش روانپزشکی و روانشناسی.

- دپارتمان نورولوژی رفتار و حافظه: تدوین گایدلاین های تشخیصی اختلالات شناختی و تدوین و اجرای برنامه های بازتوانی شناختی.

- دپارتمان بهداشت و سلامت روان: رسالت اصلی این دپارتمان شناسایی ضرورت های جامعه در حوزه سلامت روان و تلاش برای پیشگیری، درمان و ارتقای موضوعات مرتبط با آن است. در این راستا پژوهش های بنیادی و کاربردی برای ارائه راهکارها و رفع موانع موجود اجرا خواهد شد.

- دپارتمان نوروسایکیاتری و نوروساینس: پردازش سیگنال های EEG و داده های مغزی در اختلالات روانپزشکی، توسعه مدل های محاسباتی و ریاضی مغز، بررسی کاربردهای هوش مصنوعی و ماشین یادگیری در روانپزشکی و علوم شناختی.

- دپارتمان نوروساینس و تغذیه: پژوهش بر اختلالات خوردن (آنورکسیا، بولیمیا و...)، سوءمصرف الکل، پژوهش های بنیادی و کاربردی در زمینه اشتها و کنترل اختلالات اشتها، بررسی تداخلات داروهای روانپزشکی با وزن و BMI.